Müller betätigt sich gleichfalls als Herausgeber von Büchern. 1790 und 1791 ediert er zwei Bände der Straußfedern. Er setzt damit die von Johann Karl August Musäus begonnene Publikation gesammelter Erzählungen fort, die nach ihm von Ludwig Tieck übernommen wird. Von der pädagogischen Schriftstellerin und frühen Verfechterin der Frauenemanzipation und aufgeklärten Kindererziehung Amalia von Justi (verehelichte Holst; 1758-1829) betreut er die Herausgabe der Bemerkungen über die Fehler unserer modernen Erziehung […] (1791) und von der Ehefrau Margarete Elisabeth Kramer (geb. Remstorp; ca. 1745- nach 1795) seines engen Freundes, des Konsistorialrates Kramer, das Kinderbuch Hänschen und Gretchen, oder die frohen Kinder […], eine Übersetzung aus dem Französischen (1795).
Drei Jahre später legt er Die Pupille. Eine Geschichte in Briefen vor, ein Roman aus dem Nachlaß des Altonaer Gymnasialdirektors und Schriftstellers Johann Jacob Dusch (1725-1787).


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